Den ældste del af Aunsø gamle kirke anslås at være opført i 1200-tallet. Kirken er bygget som privat kapel til den dengang kongeligt ejede Aunsøgård, der nævnes første gang i Kong Valdemars jordebog (1231).   

Ejerforhold

Området, der lå i den nordvestlige del af det store Læsøholm sogn, blev ifølge Roskildebispens jordebog senere udskilt som et selvstændigt sogn. Befolkningen her har søgt kirke i gårdens kapel, mens man i den resterende del fortsatte med at benytte Læsøholm kirke, nu kaldet Holmstrup. Oprettelsen af det nye sogn synes at have fundet sted i tiden mellem 1323 og jordebogens affattelse i 1370'erne.  

I 1453 nævnes kirken som anneks til Viskinge. I 1567 omfattede sognet 18 tiende-ydere. Gården og kirken var efter reformationen fortsat i kongeligt eje, og benyttedes især ved jagter i det skovrige terræn. I 1582 tillod Frederik II kirkeværgerne indtil videre at oppebære kongetiende til kirkens bygning. I 1619, under Christian IV, fik lensmanden på Kalundborg, Steen Brahe, befaling til at istandsætte den brøstfældige kirke med hjælp fra lenets kirker. I 1699 solgte kongen ejerskab og kaldsret for såvel Viskinge som Aunsø til historikeren, kancelliråd Niels Slange. Kirken havde herefter samme tilhørsforhold som hovedkirken indtil overgangen til selveje 1911.